亳州已有5000多年的文明史，是中华民族古老文化的发祥地之一。《说文大字典》解为：“商汤所都，京兆社陵亭也，从高省乇声”。“乇” 《说文大字典》释：“原义草叶也，从穗，上贯一，下有根，象形”，读作“zhe”，由此可见，亳的本义为生长着茂盛庄稼的高地，商初水害和粮食是涉及到国家根基的两大问题。因此所选建都之地必然是肥沃的高地。
夏时期亳州属豫州，曾是帝喾（高新氏）的国邑。 周初是神农氏后裔的封地，置焦国。 春秋时期，焦属陈国。陈于此建焦城，后楚灭陈，筑谯城（今谯城区）。谯夷所辖区域扩大到苦（今涡阳县）、蒙（今蒙城县）及周边地区。 秦时置谯县，属砀郡。 汉时先后属豫州、沛国治。建安末年设谯郡。魏皇初2年（221）封谯郡为 “陪都”，与许昌、长安、洛阳、邺并称 “五都”。 西晋时，谯是谯国治所，北魏正始4年（507）为“南兖州”治所，北周大象元年（579），改南兖州为亳州，治所不变，亳州之名始于此。 隋大业3年（607）又改亳州为谯郡。 唐武德4年（621），谯郡更名为亳州，为“十望”州府之一，下辖谯、临涣、酂、城父、鹿邑、蒙城、永城、真源8县。 宋时亳州属淮南路，金时属南京路，下辖6县5镇。元时亳州属归德府（今商丘），下辖6县。
元至正15年（1355），刘福通起兵反元，拥韩林儿在亳州称帝，建 “宋”政权，以亳州为国都。至此亳州正式成为 “三朝”古都之地。 明朝初年亳州一度为县，属颍州。弘治9年（1496），又升县为州。
清初亳州属安徽布政使司直辖。
1864年清廷镇压捻军后，拆亳州、宿州、蒙城、阜阳、各一部设涡阳县。
1912年国民政府降亳州为亳县，由省直辖。
1964年，国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县。
1986年国务院决定撤销亳县建制，设立亳州市（县级）。 1998年收归省直辖（副地级）。
2000年5月正式设立地级亳州市，下辖涡阳、蒙城、利辛三县和谯城区。市政府驻谯城区。